Stenkløver er en to-årig urt med en opret og forgrenet vækst hele nede fra basis.
Stænglerne er stive, runde i tværsnit og svagt furede. Småbladene er trekoblede, elliptiske med tandet rand. Over- og underside er lys græsgrøn. Blomsterne er små hvide ærteblomster, der sidder samlet i endestillede klaser. De indeholder meget pollen og nektar og kan ses blomstre i en lang periode. Frugterne er bælge med få frø.
Rodnettet består af en kraftig og meget dybtgående pælerod, der forgrener sig med spinkle side- og finrødder. Roden kan bryde gennem en pløjesål og arbejde sig dybt ned selv i en kraftig lerjord, hvilket har en god effekt på jordstrukturen. Planten trives godt på en let og tør eller stenet/gruset jord.
